-adjoinオプションを使用します。
rem 環境によって変えてね
set im=C:\Progra~1\ImageMagick-6.3.8-Q16
%im%\convert.exe sf.jpg sf2.jpg -adjoin sample334b.pdf
元画像1(sf.jpg)
元画像2(sf.jpg)

出力ファイル(sample334b.pdf)

polaroids.vbs
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cv.vbsオプション用の変数(opts)を変更することで、他の画像処理を一度に実行することができます。
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WScript.StdOut.WriteLine "source directory:" + WScript.Arguments(0)
WScript.StdOut.WriteLine "output directory:" + WScript.Arguments(1)
im = "C:\Progra~1\ImageMagick-6.3.2-Q16\convert.exe"
opts = "yourlogo.png -gravity southeast -composite"
Set objShell = WScript.CreateObject("WScript.Shell")
Set objFSO = WScript.CreateObject("Scripting.FileSystemObject")
Set objFolder = objFSO.GetFolder(WScript.Arguments(0))
for each objFile In objFolder.Files
WScript.StdOut.WriteLine "found:" & objFile
cs = im & " " & objFile.path & " " & opts & " " & WScript.Arguments(1) & "\" & objFile.name
WScript.StdOut.WriteLine "processing an image..."
Set objExec = objShell.Exec(cs)
Do While objExec.Status = 0
WScript.Sleep 100
Loop
WScript.StdOut.WriteLine "result:" & objExec.ExitCode
next
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